Biologische Pflanzenschutzverfahren beruhen im Wesentlichen auf zwei Kernelementen: Der Förderung oder Anwendung natürlicher Gegenspieler sowie der Anwendung von Naturstoffen.
Förderung und Anwendung von natürlichen Gegenspielern
Gegenspieler (Antagonisten) zu Krankheitserregern und Schädlingen können natürlich vorkommende Mikroorganismen, Viren, Insekten, Milben, Nematoden oder auch Wirbeltiere (zum Beispiel Greifvögel) sein. Durch Schaffung von geeigneten Lebensräumen auf und an landwirtschaftlich und gartenbaulich genutzten Flächen können diese Antagonisten gefördert werden. Nicht immer ist aber eine natürliche Regulierung möglich oder ausreichend. In diesen Fällen kann eine Bekämpfung von Schadorganismen durch gezielte Ausbringung von Antagonisten möglich sein.
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Anwendung von Naturstoffen
Naturstoffe werden einerseits zur Regulierung von Schaderregern angewendet (naturstoffbasierte Pflanzenschutzmittel wie Kaliseife, Pflanzenöle und Pflanzenextrakte) und andererseits als Pflanzenstärkungsmittel.
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Anwendung von Pheromonen
Zur direkten Regulierung von Schadorganismen werden auch Pheromone eingesetzt. Pheromone sind artspezifisch und ungiftig. Sie werden zum Auffinden von Geschlechtspartnern innerhalb der gleichen Art gebildet.
Die "Verwirrungsmethode" basiert auf der Freisetzung synthetischer Pheromone in hoher Konzentration, so dass beispielsweise Traubenwicklermännchen orientierungslos werden und nicht zu den Weibchen finden. Die Vermehrung dieses spezifischen Schädlings wird dadurch gehemmt. Zur frühzeitigen Entdeckung und Überwachung schädlicher Insekten werden außerdem "Pheromonfallen" angewendet.